JOSM ist zum Bearbeiten von OSM Dateien.

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Bearbeiten -> Einstellungen -> Erweiterungen

Nach dem Bearbeiten von PBF Dateien speichern.

JOSM vergibt neuen, noch nie hochgeladenen Objekten negative temporäre IDs. In JOSM-Code steht sogar ausdrücklich: bestehende OSM-Objekte haben ihre OSM-ID, neue Objekte bekommen eine eindeutige negative ID.

Danach mit Osmium sortieren und neu nummerieren. 

osmium sort edited.osm.pbf -o edited-sorted.osm.pbf
osmium renumber edited-sorted.osm.pbf -o edited-renumbered.osm.pbf
osmium fileinfo -e edited-renumbered.osm.pbf